Они нормально вместе живут, конечно уровень обоих продуктов абсолютно разный, все добирается до есерва уже проходит через NAV, и ничего делать не надо.
У меня на домашней стоит NAV2004, правда на большую нагрузку проверить не удавалось (просто ее не было), а так все работает замечательно, похоже что НАВ перехватывает все, проверяет а потом уже отдает почтовику, причем какому ему уже фиолетово (был и есерв 2 и 3). Машина домашняя — больше для експериментов.
Да, на лету, сначала проверяется НАВом, а только потом попадает к серверу, никаких настроек делать не надо, во всяком случае у меня так. Если попадется почта с вирусом, то до почтового сервера оно просто не попадает, НАВ его не пропускает.