Только что поставил четвёрку на виртуалку W3k, начал препарировать. Обнаружил такой баг — изучая новый интерфейс, создал домен с пустым именем. То есть, при создании домена — не указывал имени, а просто нажал при пустых полях кнопку "создать". После этого получил такую картину: в списке доменов есть мой, созданный при инсталляции, companyname.ru (id1), и пустой, с (id2). Выбрать для редактирования я могу только тот, у которого есть имя. companyname я выбрал и удалил успешно, а вот второй, "призрак", удалить никак.

То есть, в случае отсутствия имени у домена к нему никак не обратится. Рекомендую сделать возможным обращение к записи по её ID — он-то создаётся всегда, но в окне выбора неактивен, курсор становится активным только при наведении на имя домена или проект.