Можно удалять. Они там копятся только если вы используете PopFile в режиме pop3proxy. А если в "родном" для Eserv'а режиме xml-rpc, то копятся самим Eserv'ом в другом месте, опционально.

Если в его веб-интерфейсе этой возможности нет, то не умеет (проверить не могу, мой popfile работает через xmlrpc, поэтому его каталог сообщений в веб-интерфейсе пуст). Можете в планировщик поставить периодическую чистку каталога PopFile\messages.