Анализируются все переносимые письма, но на обучение скармливаются только те, текущий класс которых не совпал с целевым. Если при переносе пачки писем на обучение отправилось только одно, то значит остальные (в результате предыдущего обучения либо вообще всех сеансов обучений с момента получения той переносимой почты) и так уже относятся к целевому классу, и они popfile'у не отдаются, чтобы не перекосить статистику, да и время сэкономить.

База popfile лежит там, куда её кладёт popfile, Eserv'у об этом ничего не известно, он работает через номер порта. Какая у вас дата последней модификации файла popfile.db, и каков его размер?

PopFile не пишет в лог протокол XML-RPC взаимодействия. Зато Eserv его пишет, включая и ответы popfile.