Это ненормально, хотя и типично (баг sqlite, не выдерживающего заданный в опциях максимальный размер транзакционного журнала).

Это не единственный файл с такой проблемой. Остальные db3-файлы в lists, а также db3-файлы файлы в stat (т.е. все файлы, которые открыты все время работы служб, а не временно, как индексы сообщений) тоже могут сопровождаться распухшими wal. "Сжимать" их вручную (с помощью sqlite3.exe) слишком хлопотно, а сами службы в рантайме сделать это не могут (запускаемые Eserv'ом checkpoint'ы игнорируются в результате того же sqlite'ного бага). Можно только при останове служб автоматически сжимать — http://www.eserv.ru/download/acWEB4_2011-07-12_1.rar — но тогда при остановке acWEB'а должны быть также предварительно остановлены acSMTP и acIMAP.