Они не записываются в базу или куда-то еще, а приводятся просто к сведению, как их видит сейчас (в момент прорисовки панели) резолвер Eserv'а. Если в какие-то моменты там пусто, значит сейчас не видит... Это не значит, что почта не будет доставляться, там ведь много попыток доставки делается.

Может действительно dns.he.net часто недоступен из России? Вторичные серверы есть?

У меня зоны нескольких доменов, требующих высокой доступности, расположены на AWS Route53. Там есть удобство в сравнении с текущей реализацией DNS Eserv'а — API для программного изменения записей и широкий разброс DNS-серверов по миру.

Да, Eserv может быть вторичным, но с особенностями — на любые внешние запросы он будет указывать MX и хосты, направленные на самого себя (независимо от того, как они настроены на primary)...

А как конкретно mail.ru ругается? Что значит "нечитаемый"?

Ну то есть Eserv будет отвечать так, что почту домена будет принимать именно он, игнорируя соответствующие настройки на primary. Изначально это делалось для автонастройки размещенных на нём доменов (и прохождения проверок регистраторов доменов), да так и осталось.