Большое письмо? До сих пор поедание ресурсов было из-за иконки и спрятанного окна лога. Можно отключить это безобразие вообще (-dw) или умерить аппетит (-ln 200).

Smtpsend3 не DOS, а консольное приложение Win32. В принципе, в отсутствии других задач любое приложение заберёт себе 100% процессора. Если агенты не хотят отдавать ресурсы, надо по логам смотреть, что они делают. Попробуйте всё-таки иконки отключить.

Если процесс один, ему просто не с кем делиться — что ресурсами, что процессором (который тоже ресурс). Но насчёт ввода-вывода вы правы, загрузка должна прыгать, а средняя должна быть явно меньше ста процентов. Правда, не совсем ясно, что там за кадром сама система делает — где она должна переключиться из контекста процесса в себя любимую.

Иконку в трее и скрытое за ней окно лога. Оно отжирает память и по мере распухания начинает жрать процессор.