Тем и не нравится, что "выдан самим собой", наверное. Сертификат хранится в server.pem, можете положить туда такой, какой понравится Bat'у. Или, может быть, можно установить его (этот самоподписанный сертификат) в число доверенных в Bat'е.

Там же написано — "нет доверия, т.к. нет в списке корневых" (самоподписанный сертификат — сам себе корневой сертификат, т.е. его же и добавьте в список доверенных центров сертификации). Вообще там в заголовке написано про S/MIME-сертификаты, а в данном случае у нас сертификат сервера, а не S/MIME (для цифровых подписей писем), наверное его в другой раздел надо добавлять.