В настройках ESERV для доступа на FTP-eserv прописал отдельный файл авторизации, в нем 5ть юзеров, всего в системе около 40! пароль на доступ к почте и FTP должны быть различными, но авторизация проходит только по основному списку.
В чем проблема, где ковыряться
Это как? Отдельный список авторизации может быть только в отдельном домене. Собственно, домен авторизации и есть список пользователей.